โฆษกของกลุ่มตอลีบานอ้างว่า อัลกออิดะห์ไม่ได้เป็นผู้ก่อเหตุโจมตีสหรัฐเมื่อวันที่ 11 กันยายน ปี 2544 ซึ่งเป็นเหตุการณ์ที่ทำให้สหรัฐยกมาเป็นเหตุผลในการบุกอัฟกานิสถาน และทำให้เกิดความขัดแย้งในอัฟกานิสถานต่อเนื่องมายาวนานเกือบ 2 ทศวรรษ

การปฏิเสธความเกี่ยวข้องของอัลกออิดะห์ในเหตุโจมตี 11 กันยายน มีขึ้นในช่วงที่ประเด็นความสัมพันธ์ระหว่างตอลีบานกับอัลกออิดะห์กำลังเป็นหัวใจของการเจรจาสันติภาพระหว่างตอลีบานกับสหรัฐที่กาตาร์ ซึ่งอาจนำไปสู่การถอนทหารสหรัฐออกจากอัฟกานิสถาน หากตอลีบานตัดสัมพันธ์กับอัลกออิดะห์ โดยสหรัฐได้เรียกร้องให้ตอลีบานห้ามอัลกออิดะห์ปฏิบัติการในพื้นที่ที่ตอลีบานควบคุม แต่ตอลีบานยังคงสานสัมพันธ์กับอัลกออิดะห์พันธมิตรเก่าแก่อยู่เช่นเดิม

อุซามะห์ บิน ลาดิน ซึ่งถูกระบุว่าเป็นผู้บงการเหตุโจมตี 11 กันยายนย้ายไปอาศัยในอัฟกานิสถานในปี 2539 หลังอัฟกานิสถานตกอยู่ใต้การปกครองของตอลีบาน และได้รับการดูแลจากตอลีบาน โดยบิน ลาดิน มหาเศรษฐีจากซาอุดีอาระเบียเคยร่วมรบในสงครามขับไล่โซเวียตออกจากอัฟกานิสถานกับนักรบมูจาฮิดีน ซึ่งต่อมาได้ก่อตั้งกลุ่มตอลีบาน